La microbiologia de alimentos ha sufrido un cambio vertiginoso en los últimos años debido a la aparición de nuevos microorganismos, siendo un mayor riesgo para el consumidor.

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Los microorganismos emergentes derivan de modificaciones genéticas debido a la adquisición de nuevos genes, de la pérdida de otros, de la transmisión, y de resistencias a agentes antimicrobianos, resistencia a los nuevos métodos de procesado y conservación de los alimentos y de un control inadecuado de la protección de la salud pública, generando la necesidad que las industrias de alimentos implementen programas de control basándose en técnicas de identificación confiables que les permitan obtener la mayor información posible sobre estos microorganismos.

Las ETAs constituyen un importante problema de salud pública debido al incremento en su ocurrencia, el surgimiento de nuevas formas de transmisión, la aparición de grupos poblacionales vulnerables, el aumento de la resistencia de los patógenos a los compuestos antimicrobianos (antibióticos) y el impacto socioeconómico que ocasionan.

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Los problemas emergentes de mayor importancia son provocados por bacterias, virus y protozoos, dentro de los microorganismos emergentes en alimentos están:

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El control de los microorganismos causantes de ETAs, por parte tanto de las autoridades sanitarias como de las plantas procesadoras de alimentos, depende en cierta medida del método analítico que se utiliza para su detección. La detección y la investigación de los brotes de ETAs constituye uno de los principales retos para el Sistema de Salud Pública, ya que requiere obtener de forma oportuna y eficaz, información médica (datos personales, síntomas) y análisis de laboratorio de los restos de alimentos o de las materias primas empleadas en su elaboración e, incluso, de las manos de las personas involucradas en la manipulación del alimento.

Existen muchos métodos analíticos pero una de las técnicas más precisas que en la actualidad está tomando mucha fuerza es el Ribotipaje, basada en la caracterización de microorganismos por medio de fragmentos de restricción de los ácidos nucleicos del genoma bacteriano y posterior hibridación con una sonda ribosomal, la cual ayuda a identificar con precisión los contaminantes y realizar un seguimiento de su fuente a nivel de cepa, lo que ayuda a controlar bacterias no deseadas, conocer de que organismo se trata, como ingreso al proceso de producción o en la población.

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Aunque las bacterias se encuentren en toda la naturaleza, su presencia en ciertos ambientes críticos, tales como plantas de fabricación de productos estériles o de procesamiento de alimentos, constituye una amenaza constante. Y cuando bacterias dañinas ingresan a la población, los epidemiólogos deben trabajar rápidamente para prevenir la propagación de enfermedades.

Para lograr un control mundial de la inocuidad de los alimentos es necesario que las organizaciones internacionales, elaboren planes de acción que ayuden a los países a implementar sistemas eficientes de control de alimentos para disminuir el impacto de las ETAs y ayudar a mejorar la salud de los consumidores.